Semenjak awal berdirinya, para aktivis awal Muhammadiyah dan Aisyiyah sudah berjuang untuk menyebarkan Muhammadiyah dan Aisyiyah ke seluruh pelosok tanah air, sehingga jaringan Muhammadiyah dan Aisyiyah akhirnya semakin berkembang dari waktu ke waktu. Jaringan-jaringan tersebut kemudian dikoordinasikan membentuk struktur organisasi Muhammadiyah dan Aisyiyah, mulai dari tingkat Pimpinan Pusat, Pimpinan Wilayah (di tingkat provinsi), Pimpinan Daerah (di tingkat kabupaten/kota), Pimpinan Cabang (di tingkat kecamatan), dan Pimpinan Ranting (di tingkat desa). Beberapa jaringan Muhammadiyah dan Aisyiyah di luar negeri juga dikoordinasikan dalam bentuk Pimpinan Cabang Istimewa.
Sementara itu, Muhammadiyah juga mengembangkan jaringan berdasarkan kategori-kategori tertentu untuk mendekatkan dakwah Muhammadiyah dengan keragaman masyarakat. Oleh karena itu, Muhammadiyah mengembangan struktur organisasi otonom agar mereka bisa mengelola organisasi secara mandiri dan bertanggung jawab. Para perempuan anggota Muhammadiyah diorganisasikan menjadi Aisyiyah, para perempuan muda anggota Muhammadiyah diorganisasikan menjadi Nasyi’atul Aisyiyah, para pemuda anggota Muhammadiyah diorganisasikan menjadi Pemuda Muhammadiyah, para mahasiswa anggota Muhammadiyah diorganisasikan menjadi Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah, dan para pelajar anggota Muhammadiyah diorganisasikan menjadi Ikatan Pelajar Muhammadiyah.
Para anggota Muhammadiyah yang memiliki aktivisme yang khas membentuk organisasi otonom juga. Mereka yang memiliki aktivisme dalam seni bela diri diorganisasikan menjadi Tapak Suci Putera Muhammadiyah, sedangkan mereka yang memiliki aktivisme dalam kepanduan diorganisasikan menjadi Hizbul Wathan.
