Islam di Indonesia memetakan perdebatan antara Muslim progresif dan reaksioner di Indonesia sejak pergantian rezim tahun 1998 dan dimulainya proses demokratisasi di negara bangsa Muslim terbesar di dunia. Dipahami sebagai sejarah intelektual atau sejarah gagasan, buku ini menempatkan perdebatan tersebut dalam konteks politik Indonesia selama lima belas tahun terakhir; itu mengidentifikasi dan memetakan silsilah dari lawan bicara yang berbeda; intelektual dan aktivis individu, institusi dan outlet, yang membentuk formasi diskursif yang mengartikulasikan masalah yang dihadapi.
Diselenggarakan dengan konsep sekularisme, pluralisme dan liberalisme yang dikutuk dalam fatwa yang dikeluarkan oleh Majelis Ulama Indonesia pada tahun 2005, diskusi berkisar pada perdebatan tentang kenegaraan Islam, Demokrasi, hukum Islam, kebebasan beragama, minoritas agama dan hak asasi manusia. Ini menyoroti adaptasi kreatif terhadap situasi Indonesia dari ide-ide yang berasal dari bagian-bagian berbahasa Arab di dunia Muslim dan dalam pemikiran Barat. Ide-ide ini kurang mendapat perhatian ilmiah daripada Islamisme reaksioner, ekstremisme Islam, dan Islam politik yang kejam. Sebagai alternatif dari istilah sekularisme, pluralisme, dan liberalisme yang sarat ideologi, kesimpulan buku ini menawarkan sekularitas, toleransi, kebebasan, dan pemikiran bebas sebagai alternatif yang lebih akurat.